Publication list

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学会発表等

細胞周期制御に関わる分子間相互作用の解析とその種間比較
第20回日本分子生物学会, 京都 (1997).
片山俊明, 金久實
ゲノム比較による細胞周期制御パスウェイとウイルスの相関解析
第22回日本分子生物学会, 福岡 (1999).
片山俊明, 金久實
ゲノム比較による細胞周期制御パスウェイとウイルスの相関解析
京都大学化学研究所第99回研究発表会 (1999).
片山俊明, 金久實
Cell cycle regulatory pathway database in KEGG/BRITE.
Bioinformatics 2000, Denmark (2000).
Katayama, T., Kanehisa, M.
Theoretical Estimation of Systematic Errors Caused by Probe-Target Cross-Hybridization in DNA Microarray Experiments.
ICSB 2000, Tokyo (2000).
Nakao, M. Okuji, Y. K., Itoh, M., Katayama, T., Kawashima, S., Suzuki, I., Murata, N., Kanehisa, M.
BioRuby.
BOSC 2001 (Bioinformatics Open Source Conference), Denmark (2001).
Okuji Y. K., Nakao, M. S., Katayama T.
KEGG human cell cycle pathway and its comparison to the viral genomes.
ISMB 2001 (9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology), Denmark (2001).
Katayama, T., Kanehisa M.
ゲノムサイエンスにおける XML 等の標準化の現状と未来
特定領域研究「ゲノム情報科学」D01班パネルディスカッション, 東京 (2002)
片山俊明 w/ 小長谷明彦, 吉川正俊, 高井貴子
BioRuby w/ OBDA (Open Bio* sequence Database Access).
BioHackathon 2002 (closed meeting for Open Bio* project leaders), Arizona, USA & Cape Town, South Africa (2002).
Katayama, T.
BioRuby
ゲノム特定 2002年度神戸合同班会議有用ソフトウェア・データベース紹介, 神戸 (2002)
片山俊明, 五斗進
ラン藻ゲノムにおける高頻度リピート配列の分類と解析
特定領域拡大ラン藻ゲノム研究交流会, 東京 (2002)
片山俊明, 金久實
タンデムリピート配列のラン藻ゲノムにおける分布と解析
ゲノムフロンティア開拓研究公開シンポジウム, 東京 (2002)
片山俊明, 金久實
BioRubyによる大規模配列データベースのインデックスを用いた高速データ検索の実現
第25回日本分子生物学会, 横浜 (2002)
後藤直久, 片山俊明, 安永照雄
BioRuby
特定領域研究「ゲノム情報科学公開シンポジウム」有用ソフトウェア・ＤＢデモ, 東京 (2003)
片山俊明, 五斗進
BioRuby とクマムシゲノムプロジェクト
infobiologist 第２回研究会, 三島 (2003)
片山俊明
BioRuby.
BioHackathon 2003 (closed meeting for Open Bio* project leaders), Singapore (2003).
Katayama, T.
BioRuby project and the KEGG API
BOSC 2003, Brisbane, Australia (2003)
Katayama, T.
KEGG API: A new web service for accessing the KEGG database
ISMB 2003, Brisbane, Australia (2003)
Shuichi, K., Katayama, T., Sato, Y., Kanehisa, M.
KEGG DAS: comprehensive DAS service from bacteria to eukaryote
Generic Model Organism Database Meeting, Boston (2004).
Katayama T.
KEGG PEPTIDE: A Database for Peptide Structures.
Fourth International Workshop on Bioinformatics and Systems Biology, Kyoto (2004).
Araki, M., Katayama, T., Matsuura, Y., Kanehisa, M.
BioRuby + KEGG API + KEGG DAS = wiring knowledge for genome and pathway. (PDF)
BOSC 2004, Glasgow, Scotland (2004)
Katayama, T.
KEGG DAS: Towards a Comprehensive Community Annotation of the Genome.
ISMB 2004, Glasgow, Scotland (2004)
Katayama, T., Kanehisa, M.
KEGG API: New Features of KEGG Web Service.
ISMB 2004, Glasgow, Scotland (2004)
Kawashima, S., Katayama, T., Kanehisa, M.
KGML (KEGG Markup Language) for Exchanging the KEGG Graph Objects.
ISMB 2004, Glasgow, Scotland (2004)
Goto, S., Kawashima, S., Katayama, T., Hirakawa, M., Kanehisa, M.
KEGG DAS と KEGG API で繋がるゲノムアノテーションとパスウェイ (PDF)
JST ゲノムリテラシー講座「ゲノムアノテーション -データベースとツールの活用-」, 東京 (2004)
片山俊明
バイオインフォマティクスプログラミング (PDF)
KAST バイオインフォマティクスコース「ゲノムデータベースとデータマイニングプラクティカルコース」, 東京 (2004)
片山俊明, 坂内英夫
バイオインフォマティクスにおけるウェブサービスの現状と課題 (PDF)
第２回人工知能学会生命知識研究会, お台場 (2004)
片山俊明
第０回オープンバイオ研究会主催 (オープンバイオBOF@GIW2004), 横浜 (2004)
片山俊明
Bioinformatics Recipes with BioRuby.
GIW 2004, Yokohama (2004)
Nakao, M., Goto, N., Toshiaki, K.
HiGet: High Performance Database Entry Retrieval System
GIW 2004, Yokohama (2004)
Ushijima, K., Kawagoe, C., Nakai, K., Kawashima, S., Bannai, H., Toshiaki, K.
Modeling Gene Networks Utilizing Evolutionary Information Using Bayesian Network Models
GIW 2004, Yokohama (2004)
Tamada, Y., Bannai, H., Imoto, S., Katayama, T., Kanehisa, M., Miyano, S.
Automatic generation of KEGG OC (Ortholog Cluster) and its assignment to draft genomes
GIW 2004, Yokohama (2004)
Moriya, Y., Katayama, T., Nakaya, A., Itoh, M., Yoshizawa, A. C., Okuda, S., Kanehisa, M.
Functional Categorization of Multiple Genomes using KEGG OC in the Genome Indices
GIW 2004, Yokohama (2004)
Okuda, S., Yoshizawa, A. C., Moriya, Y., Itoh, M., Katayama, T., Kanehisa, M.
Functional Classification of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes
GIW 2004, Yokohama (2004)
Yoshizawa, A. C., Okuda, S., Moriya, Y., Itoh, M., Katayama, T., Kawano S., Okamoto, S., Kawashima, S., Kanehisa, M.
スクリプト言語によるウェブサービスの利用
国立遺伝学研究所共同研究会「生物情報資源の相互運用性」, 三島 (2005)
片山俊明
第１回オープンバイオ研究会主催 (SIG-BMKと共催), JAIST (2005)
片山俊明

発表論文 (和文)

データベースを利用した細胞周期関連遺伝子の解析 (PDF)
Analysis of the cell cycle genes using pathway database (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成9年度研究成果報告書 (1998).
片山俊明
分子間相互作用に関するデータベース構築と解析
Construction and analysis of the molecular interaction database (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成10年度研究成果報告書 (1999).
片山俊明
細胞周期制御に関わる分子間相互作用データベースの構築とゲノム解析 (PDF)
Construction of the molecular interaction database on cell cycle regulatory pathway and its comparison to the viral genome (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成11年度研究成果報告書 (2000).
片山俊明
コンピュータの中に生命を再現 -- バイオインフォマティクスとはどのような学問か
Reconstruction of life systems in silico (in Japanese).
化学同人「化学」Vol.55 No.11 pp.19-22 (2000).
片山俊明、金久實
※ 別冊化学ヒトゲノム最前線に再録 -「化学」2001年1月号別冊
ゲノム情報による生命システムの解析
Analysis of life systems by genome informatics (in Japanese).
化学工業社「化学工業」Vol.51 No.12 pp.25-30 (2000).
片山俊明、金久實
制御系の分子間相互作用データベースの構築と解析 (PDF)
Gene expression analysis of the regulatory pathway (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成12年度研究成果報告書 (2001).
片山俊明
分子間相互作用ネットワークのモデル化
Modeling of the molecular interaction network (in Japanese).
シミュレーション学会誌「シミュレーション」 Vol.20 No.2 pp.114-117 (2001).
片山俊明、金久實
生命現象に関わる分子ネットワークの解析（ヒト細胞周期制御に関わるウイルス遺伝子） (PDF)
Viral genes on the human cell cycle regulatory pathway (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成13年度研究成果報告書 (2002).
片山俊明
生命現象に関わる分子ネットワークの解析（抗原・抗体データベースの構築） (PDF)
Construction of the molecular interaction database on antigen-antibody interaction (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成14年度研究成果報告書 (2003).
片山俊明
生命現象に関わる分子ネットワークの解析（オーソログクラスターによるプロテインユニバースの解析） (PDF)
Network analysis of the ortholog gene clusters (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成15年度研究成果報告書 (2004).
片山俊明
BioRuby によるデータベースアクセスと配列解析（シリーズ特集「研究のツールボックス」）
Database access and sequence analysis in BioRuby (in Japanese).
人工知能学会誌 Vol.19 No.3 pp.340-346 (2004).
片山俊明
プロテインユニバースの配列類似性解析システムの高性能化 (PDF)
Improvement of the SSDB construction pipeline (in Japanese).
京都大学スーパーコンピューターラボラトリー平成16年度研究成果報告書 (2005).
片山俊明

発表論文 (英文)

Construction of molecular interaction database and searching for similar pathways.
Kawashima, S., Katayama, T., and Kanehisa, M.
Genome Informatics 8, 298-299 (1997).
* The 8th Workshop on Genome Informatics, Tokyo (1997).
The Role of Gene Expression Regulation in Yeast Cell Cycle Pathway.
Katayama, T., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 11, 268-269 (2000).
* The 11th Workshop on Genome Informatics (GIW2000), Tokyo (2000).
Sequence Analysis of Redundant Usage of DNA Fragments in Complete Genomes.
Itoh, M., Katayama, T., Okuji, Y., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 11, 321-322 (2000).
* The 11th Workshop on Genome Informatics (GIW2000), Tokyo (2000).
Discovery and Classification of Peptide Family G-Protein Coupled Receptors in the Human Genome Sequence.
Levchenko, M. E., Katayama, T., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 12, 352-353 (2001).
* The 12th Workshop on Genome Informatics (GIW2001), Tokyo (2001).
BioRuby: object oriented open source library for bioinformatics.
Katayama, T., Kawashima, S., Goto, N., Nakao, M., Okuji, Y., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 13, 248-249 (2002).
* The 13th Workshop on Genome Informatics (GIW2002), Tokyo (2002).
Comprehensive analysis of tandem repeat sequences in cyanobacteria genome.
Katayama, T., Okamoto S., Narikawa, R., Fujisawa, T., Kawashima, S., Itoh, M., Ohmori, M., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 13, 400-401 (2002).
* The 13th Workshop on Genome Informatics (GIW2002), Tokyo (2002).
Metabolic Pathway Reconstruction for Malaria Parasite Plasmodium falciparum.
Limviphuvadh, V., Okuno, Y., Katayama, T., Goto, S. Yoshizawa, C.A., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 14, 368-369 (2003).
* The 14th Workshop on Genome Informatics (GIW2003), Tokyo (2003).
Extraction of Organism Groups from Whole Genome Comparisons.
Yamanishi, Y., Yoshizawa, C.A., Itoh, M. Katayama, T., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 14, 438-439 (2003).
* The 14th Workshop on Genome Informatics (GIW2003), Tokyo (2003).
Classification of Protein Sequences into Paralog and Ortholog Clusters Using Sequence Similarity Profiles of KEGG/SSDB.
Minowa, Y. Katayama, T., Nakaya, A., Goto, S., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 14, 528-530 (2003).
* The 14th Workshop on Genome Informatics (GIW2003), Tokyo (2003).
BioRuby: Open-Source Bioinformatics Library.
Goto, N. Nakao, C.M., Kawashima, S., Katayama, T., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 14, 629-630 (2003).
* The 14th Workshop on Genome Informatics (GIW2003), Tokyo (2003).
Development of Community Annotation Databases for Linking Genomes to Cellular Functions.
Furumichi, M., Sato, Y., Katayama, T., Kawashima, S., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 14, 657-658 (2003).
* The 14th Workshop on Genome Informatics (GIW2003), Tokyo (2003).
KEGG API: A Web Service Using SOAP/WSDL to Access the KEGG System.
Kawashima, S., Katayama, T., Sato, Y., Kanehisa, M.
Genome Informatics, 14, 673-674 (2003).
* The 14th Workshop on Genome Informatics (GIW2003), Tokyo (2003).
An Interactive Gene Network for Securin-Separase, Condensin, Cohesin, Dis1/Mtc1 and Histones Constructed by Mass Transformation.
Yuasa, T., Hayashi, T., Ikai, N., Katayama, T., Aoki, K., Obara, T., Toyoda, Y., Maruyama, T., Kitagawa, D., Takahashi, K., Nagao, K., Nakaseko, Y., Yanagida, M.
Genes to Cells, 9, 1069-1082 (2004).

書籍

Walking Linux
アスキー出版局 (1996). ISBN4-7561-1662-0
Walking Linux 推進委員会 (共著)
- 3.4 「640x480 ドットで快適に過ごす」片山俊明
- 4.1.4 「カーネル再構築の実際」片山俊明
- 6.8 「DEC Hinote Ultra 450CS」片山俊明
- Appendix C 「LOADLIN の使い方」片山俊明、仙田修司
- Appendix H 「IIJ-PPP」片山俊明、真鍋敬士
Linux パワーガイドブック
技術評論社 (1997). ISBN4-7741-0523-6
山崎康宏、はねひでや監修 (共著)
- 「TOWNS 版 Linux の世界」樋口証、杉谷正三、片山俊明
- 「TOWNS Linux 回想録」片山俊明
わかる実験医学シリーズ「先端の遺伝子工学がわかる」
羊土社 (2001). ISBN4-89706-990-4
山本雅編 (共著)
- 「基本編 - 遺伝子のバイオインフォマティクス」片山俊明、金久實
ゲノム研究実験ハンドブック
羊土社 (2004). ISBN4-89706-886-X
辻本豪三、田中利男編（共著）
- 「インターネットの利用」pp.20-29 片山俊明

雑誌

Software Design : Let's Enjoy Linux! / TOWNS Linux WORLD GUIDE
- 第一回「TOWNS Linux の紹介と JE2 のインストール」
  技術評論社 Software Design 8 月号 (1994) No.46 pp.85-93
  片山俊明、佐々木正伸、安達昭仁
- 第二回「環境設定、インタビュー：TECO さんに聞く」
  技術評論社 Software Design 9 月号 (1994) No.47 pp.113-122
  片山俊明、佐々木正伸、安達昭仁
- 第三回「kermit、uucp、PLIP」
  技術評論社 Software Design 10 月号 (1994) No.48 pp.80-91
  片山俊明、佐々木正伸、安達昭仁
- 第四回「JE3 のインストール、環境設定、Mosaic」
  技術評論社 Software Design 12 月号 (1994) No.50 pp.87-97
  片山俊明、佐々木正伸、安達昭仁
- 第五回「印刷環境、fj2bm、dviprt、gs、DOOM」
  技術評論社 Software Design 1 月号 (1995) No.51 pp.131-137
  片山俊明、安達昭仁
- 第六回「印刷環境 lpr、TeX」
  技術評論社 Software Design 2 月号 (1995) No.52 pp.132-137
  片山俊明、安達昭仁
- 第七回「メール環境と uucp」
  技術評論社 Software Design 3 月号 (1995) No.53 pp.100-107
  片山俊明、安達昭仁 (この回はほぼ全て安達氏)
- 第八回「カーネル、Xtowns、svgalib のバージョンアップ、パッドで DOOM」
  技術評論社 Software Design 4 月号 (1995) No.54 pp.92-101
  片山俊明、安達昭仁
- 第九回「ダイアルアップ PPP、Executor」
  技術評論社 Software Design 5 月号 (1995) No.55 pp.148-152
  片山俊明、安達昭仁 (PPP は安達氏)
- 第十回「term」
  技術評論社 Software Design 6 月号 (1995) No.56 pp.78-87
  片山俊明、安達昭仁
- 番外編「Inside Linux」
  技術評論社 Software Design 8 月号 (1995) No.58 pp.152-157
  tag、片山俊明、安達昭仁（tag 氏執筆、片山・安達監修）
Software Design : すみからすみまで Linux
- 4-3 「TOWNS ユーザのための TOWNS Linux 最新情報」/w Linus さん写真
  技術評論社 Software Design 2 月号 (1996) No.64 pp.65-70
  片山俊明、安達昭仁
UNIX USER : Linux びっくり箱
- 第０回「何が飛び出るかはお楽しみ」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.4 pp.58-64
  松山俊司（この号、全て松本氏）
- 第１回「シェルを使いこなそう」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.5 pp.53-60
  松山俊司
- 第２回「どの Linux を選ぶ？」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.6 pp.69-80
  松山俊司
- 第３回「日本語入力を極めよう」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.7 pp.57-66
  松山俊司（この号、主に松本氏）
- 第４回「zsh を使いこなそう」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.8 pp.49-56
  松山俊司
- 第５回「多機能グラフィック・ツール GIMP を日本語化して使おう」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.9 pp.45-56
  松山俊司
- 第６回「True Type フォントで遊ぼう」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.10 pp.85-92
  松山俊司
- 第７回「zsh の便利な使い方」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.11 pp.61-72
  松山俊司
- 第８回「サウンド・ドライバ ALSA を使ってみよう」
  ソフトバンク UNIX USER (1998) Vol.7 No.12 pp.65-72
  松山俊司
- 第９回「PJE で快適日本語環境を」
  ソフトバンク UNIX USER (1999) Vol.8 No.1 pp.53-64
  松山俊司（この号、主に松本氏）
- 第１０回「Linux で MIDI 演奏を」
  ソフトバンク UNIX USER (1999) Vol.8 No.2 pp.41-50
  松山俊司
- 第１１回「Linux で MIDI を演奏しよう！」（実際の内容は、カーネル再構築、MOD、MP3）
  ソフトバンク UNIX USER (1999) Vol.8 No.3 pp.43-52
  松山俊司
- 第１２回「怒涛の Linux ブックマーク」
  ソフトバンク UNIX USER (1999) Vol.8 No.4 pp.79-86
  松山俊司（この号、主に松本氏）
  ※この号冒頭の特集「Part1 Linux の基礎を学ぶ」、
  Linux びっくり箱第１３回～第２１回は松本氏の執筆
- 第２２回「透過デスクトップで遊ぼう」
  ソフトバンク UNIX USER (2000) Vol.9 No.3 pp.87-94
  松山俊司（この号、片山のみ）
- 第２３回「ちょっとした設定変更で快適な Linux ライフを」
  ソフトバンク UNIX USER (2000) Vol.9 No.4 pp.81-90
  松山俊司（この号、片山のみ）
  ※Online issue (local access only)

その他

TOWNS 版 Linux0.98pl5 install guide
NIFTY-Serve FFMPRO 会議室 (1993).
片山俊明
irchat-micro-howto
Linux JF Project (1996).
片山俊明、松本庄司

CV みたいなの

PERSONAL
NAME                KATAYAMA Toshiaki
ADDRESS             Human Genome Center, Institiute for Medical Science,
                    University of Tokyo
                    4-6-1 Shirokanedai, Minato-ku, Tokyo 108-0071, Japan
E-MAIL              k@bioruby.org
PHONE               +81-3-5449-5614
FAX                 +81-3-5449-5434

APR,1992- MAR,1996  Under graduate student at Kyoto Univ.
                    (Supervisor: Prof. Mitsuhiro Yanagida)
APR,1996- MAR,1998  Graduate student at ICR, Kyoto Univ.
                    (Supervisor: Prof. Minoru Kanehisa)
MAR,1998            M.Sc. Kyoto Univ.
APR,1998- MAR,2001  Ph.D student ICR, Kyoto Univ.
                    (Supervisor: Prof. Minoru Kanehisa)
APR,2001- AUG,2003  Associate Instructor at Bioinformatics Center, ICR, Kyoto Univ.
AUG,2003- PRESENT   Instructor at Human Genome Center, University of Tokyo

BACKGROUND
                    Bioinformatics, Molecular Biology
RESEARCH INTERESTS
                    Cell cycle pathway analysis, Viral interaction,
                    Genome sequence analysis, Cryptobiosis of Tardigrades,
                    Amino acid indices, Database system, Open Bio* toolkit

SKILLS
LANGUAGES           Ruby, Perl, Zsh and C (+ Python, Java, Lisp)
SOFTWARES           mysql, apache, cvs, proftpd, postfix, listar, imapd,
                    gimp, R, bioinformatics tools and misc libraries etc.
OS MANAGEMENT       Linux, Solaris, Sun OS, IRIX, MacOS X, Windows

所属学会：日本バイオインフォマティクス学会, International Society for Computational Biology

Last modified: Wed Mar 31 19:04:09 JST 2004

Toshiaki Katayama <k@BioRuby.org>